Autor força transversal, en el camp discogràfic val la pena escoltar-lo recitant Joana, el poemari que va dedicar a la seva filla, que va morir jove, en una reedició en forma de llibre-CD del 2008. La seva passió pel jazz, conreada des dels temps en què va descobrir el saxo de Ricard Roda a la sala Jamboree, també va dur-lo als escenaris en diverses ocasions. Amb el poeta Pere Rovira va crear l'espectacle Paraula de jazz, al costat de grans jazzistes com David Mengual, Perico Sambeat i Xavier Monge. D'aquella experiència en va sortir un disc homònim, editat per Satchmo el 1999.
Seguint pel camí del jazz i la poesia, amb el seu fill, el saxofonista Carles Margarit, i la col·laboració de la cantant Núria Cols, va gravar un disc, No era lluny ni difícil (Quadrant, 2014), que també va presentar en escenaris com el Jamboree de Barcelona o l'(a)phònica de Banyoles en format de 'conversa de jazz poètic'.
En els seus poemes, de fet, no és estrany ensopegar amb referències a Ricard Roda, a Charlie Parker o a Billie Holiday. En una entrevista a la revista Jaç, el poeta confessava al periodista Pere Pons: "El jazz em cobreix un buit. La música clàssica m'ha fascinat tota la vida, però un cop vaig arribar a Stravinski em vaig sentir orfe. El dia que vaig descobrir el jazz devia tenir 35 anys, i se'm va obrir el cel". En demanar-li quin disc triaria per endur-se a la famosa illa deserta, la seva tria va ser el Kind of Blue (CBS, 1959), de Miles Davis. La seva afecció al jazz l'havia dut a fer molts quilòmetres: "Durant molts anys he fet la ruta habitual de festivals per Catalunya, el País Basc i altres indrets. Però recordo de manera molt especial els concerts al cafè Europa de Lleida durant la dècada dels vuitanta. Feia 150 quilòmetres per escoltar Lee Konitz perquè em negava a escoltar-lo a Barcelona en una sala de concerts.
Pere Rovira, Joan Margarit, Perico Sambeat, Xavier Monge i Rai Ferrer Foto: Arxiu Jamboree
Va ser un poeta força musicat. Entre el més recent, el grup Sommeliers va guanyar el certamen Terra i Cultura de l'any 2018 amb la seva musicació del poema "La llibertat". També l'han reivindicat força Clàudia Cabero, cantautora i arquitecta, que en va versionar "Càlcul d'estructures" al disc Aorta (U98, 2019), i el compositor multiinstrumentista Eduard Iniesta, que va musicar-ne sis poemes al seu disc amb la mezzosoprano Inés Moraleda i l'Orquestra de Cambra Catalana, El gos solitari de Mozart (Temps Record, 2012). Anteriorment, Xavier Ribalta també li havia dedicat tot un disc: Xavier Ribalta canta Joan Margarit (Picap, 2006). També Jordi Calmet, Jorcx, li va dedicar tot un disc: El Mestre Margarit (Blind Records, 2012).
També el van musicar entre altres Joan Manuel Serrat ("Mala mar"), Enric Barbat ("Els qui venen"), Gerard Quintana ("Sonet a dues ciutats"), Miguel Poveda ("No et veuré més") i Litus ("Què em dius?").
Aquesta temporada, precisament, Joan Margarit era el poeta resident de la temporada al Gran Teatre del Liceu.